Alors que l'Eva-03 est en route pour le Japon en provenance des États-Unis, l'avion passe dans un nuage qui se trouve être un autre Ange microscopique, Bardiel, et infecte l'Eva-03. Pendant le premier test de synchronisation de Toji, l'Eva-03 devient hors de contrôle et mute pour devenir l'Ange Bardiel. Possédant à la fois la forme et la puissance d'une Evas, il détruit les équipements de test et se dirige vers Tokyo-03. Toutes les Evas sont sorties pour l'affronter, mais celles d'Asuka et Rei sont rapidement défaite. Shinji sait qu'un pilote se trouve à l'intérieur de l'Eva-03 (même s'il ignore qu'il s'agit de Toji), et refuse de se battre contre pour essayer la sauver. Comme Bardiel attaque, Gendô ordonne l'arrêt du contrôle de l'Eva-01 par Shinji, et d'activer le système d'auto pilotage Dummy Plug. Avec le pilotage par le Dummy Plug, l'Eva-01 attaque sauvagement l'Ange en le déchirant littéralement et broie son Entry Plug. Après le combat, déjà horrifié par la sauvagerie de son Eva, il le devient encore plus en voyant que c'est Toji qui est sorti de la carcasse de l'Entry Plug.