Una catástrofe de escala y magnitud inigualables abrumó al planeta entero. Este suceso, que la historia calificó como "Segundo Impacto", provocó la muerte de la mitad de la población de la tierra y dejó claros vestigios de destrucción en numerosos lugares del mundo. Cuando la gente empieza a pensar que la vida va a volver a ser más tranquila y mundana, un chico de 14 años, Shinji Ikari, llega a Tokio 3 convocado por su padre. Este será el comienzo de la batalla definitiva entre humanos y Ángeles.